Table des matières

• Préface
• CHAPITRE 1. De simples molécules au premier génome ancien
  • Du séquençage du génome humain à une société génomique
  • Séquencer nos ancêtres et les espèces disparues
  • L’ADN fossile ou ADN ancien
  • De l’étudiant en biologie à l’archéologue moléculaire
  • Une technologie révolutionnaire
  • Séquencer le génome du mammouth et de Neandertal
  • Eau de Javel et poils fossiles : des accessoires indispensables au voyage dans le temps
  • Le génome d’Inuk, premier homme du passé entièrement séquencé
• CHAPITRE 2. Sur les pas de nos ancêtres
  • Derrière l’individu, une population tout entière
  • Du génome à l’histoire des populations
  • L’histoire du peuplement de l’Arctique
  • Un individu peut en cacher un autre
  • Nature et culture, diffusion et migration : un débat ô combien brûlant en archéologie
  • De l’Arctique aux Amériques
  • Des Amériques au reste du monde : l’histoire du peuplement de la planète grandeur nature
  • Le métissage comme moteur de la diversité génétique humaine
  • Gros plan sur le peuplement de l’Eurasie : l’expansion de la culture yamna
  • Le phénomène campaniforme dans toute sa complexité
  • Du continent européen aux îles méditerranéennes
  • Un peu de hauteur
• CHAPITRE 3. La part de Neandertal en nous
  • Cent cinquante bougies pour l’homme de Neandertal
  • Métissage ou pas métissage ?
  • Le génome de l’enfant de Scladina
  • Vers le premier génome d’une humanité aujourd’hui disparue
  • Métissage !
  • Y a-t-il eu un seul ou plusieurs métissages ?
  • Et l’Afrique dans tout ça ?
  • Notre héritage génétique néandertalien
• CHAPITRE 4. L’humanité de Denisova enfin dévoilée
  • La découverte d’un nouveau rameau de l’humanité
  • Un âge incertain
  • Pas Homo erectus, mais un lointain cousin des néandertaliens
  • D’une minuscule phalange à l’un des meilleurs génomes jamais caractérisés
  • Qui étaient ces mystérieux denisoviens ?
  • Métissage, métissage et encore métissage
  • Des populations aux effectifs clairsemés…
  • … mais qui néanmoins se rencontraient et se mélangeaient !
  • De Denisova à une lignée… fantôme !
  • Quels gènes font de nous des humains modernes ?
• CHAPITRE 5. Repousser la barrière du temps
  • Voyager au-delà d’un demi-million d’années
  • Fake news ?
  • Une nouvelle DeLorean
  • Ce que nous révéla le génome le plus vieux jamais séquencé
  • Vers l’infini et au-delà
  • De l’Arctique à l’Espagne
  • Vers des génomes d’avant Neandertal
  • Dépasser le million d’années avec d’autres molécules : les protéines
• CHAPITRE 6. Sur les traces des grandes épidémies de l’histoire
  • Voyage dans le temps, grippe espagnole et fin du monde
  • Variole et grands froids sibériens
  • Un principe de précaution…
  • … à géométrie variable
  • Le génome de la peste noire
  • Les origines anciennes et insoupçonnées de la peste
  • Généalogie d’un fléau : le bricolage évolutif du génome de peste
  • Mieux comprendre les épidémies de l’histoire
  • La tuberculose aux Amériques avant les conquistadores
• CHAPITRE 7. Nous et nos écosystèmes microbiens anciens
  • La biodiversité, une affaire de microbes avant tout
  • Le corps humain, un écosystème microbien
  • Les microbiotes participent à ce que nous sommes
  • Le tartre, un piège à microbiotes anciens
  • L’impact de la révolution néolithique et industrielle sur notre santé
  • Des microbes aux traces alimentaires
  • Retrouver les indices de consommation de fromages
  • Du tartre dentaire à Dr House
• CHAPITRE 8. Au-delà de nos gènes, notre profil épigénétique
  • Nous ne sommes pas seulement le produit de nos gènes
  • L’interface épigénétique entre nos gènes et l’environnement
  • Génétique, épigénétique et sociétés
  • Des génomes aux épigénomes anciens
  • Le premier épigénome ancien
  • Les dégradations de l’ADN ancien sont nos alliées
  • Évaluer l’effet des inégalités socio-économiques dans le passé
  • Prédire les niveaux d’expression de nos gènes dans le passé
  • Déterminer l’âge des individus anciens
• CHAPITRE 9. Au-delà de nous, nos animaux domestiques
  • À la recherche des premiers chevaux domestiques
  • La domestication, une expérience de sélection darwinienne grandeur nature
  • La domestication, objet d’études pluridisciplinaires
  • La couleur de robe comme l’une des premières cibles de la domestication animale
  • Le cheval, la plus noble conquête de l’homme (Geoffroy Saint-Hilaire)
  • Du cheval de Botaï au cheval de Przewalski
  • Des origines encore mystérieuses
  • La fabrique du cheval moderne
  • L’histoire de notre bestiaire domestique
• CHAPITRE 10. Au-delà de nous, nos plantes domestiques
  • La domestication des plantes, une étape clef de l’évolution humaine
  • Aux origines de la tortilla
  • La fabrique du maïs moderne et son expansion aux Amériques
  • Séquencer l’ARN de plantes anciennes
  • Virus et épigénétique de plantes anciennes
  • La Grande Famine irlandaise
  • Herbiers, pépins, graines et bois anciens : un florilège de sources possibles
  • L’histoire de la vigne et du vin
• CHAPITRE 11. Comprendre et tirer les leçons des extinctions passées
  • Réchauffement climatique et extinctions de masse
  • L’ours des cavernes face aux changements climatiques globaux
  • Les conditions de la survie ou de l’extinction des espèces
  • Le climat, moteur de l’expansion et de la contraction des populations
  • Les activités humaines et l’extinction des espèces
  • Une compétition pour accéder aux refuges
  • Une histoire d’ours
  • Mais qu’est-ce que c’est qu’une espèce, au juste ?
  • L’extinction du mammouth à poil laineux
  • Démographie et fardeau génétique
  • L’extermination des pigeons voyageurs
  • Méfions-nous des généralisations rapides
• CHAPITRE 12. La mémoire des environnements passés
  • De plus en plus fort : de l’ADN fossile… en l’absence de fossile !
  • Le sol, piège à ADN ancien
  • Des codes-barres à ADN pour recenser les espèces du passé
  • Un chemin semé d’embûches
  • Des résultats spectaculaires
  • Retrouver l’empreinte d’écosystèmes entiers
  • Un regard neuf sur les extinctions
  • Dépasser les limites des codes-barres à ADN
  • L’ouverture du couloir des glaces entre la Cordillère et les Laurentides
  • La pêche à l’ADN sédimentaire par capture génique
• CHAPITRE 13. Quand le passé rencontre le temps présent
  • L’ADN ancien face au racisme
  • L’ADN ancien, instrument politique
  • Du Brexit à la bande de Gaza
  • De la Palestine aux Vikings
  • Du genre humain à celui des animaux
  • Quel monde demain ?
  • Traquer les auteurs de crimes contre l’humanité
  • L’ADN comme arbitre dans la restitution des dépouilles
• CHAPITRE 14. Quand les cultures rencontrent les molécules : quelle archéologie aujourd’hui ?
  • Contre les raccourcis nature-culture
  • Diversités culturelles et ethniques
  • Des migrations de masse, vraiment ?
  • La migration réhabilitée
  • Quand la paléogénétique vient en renfort à la linguistique
  • De la difficulté des sciences pluridisciplinaires
  • Intégrer les savoirs pour décortiquer la mise en place du pastoralisme mongol
  • Intégrer les savoirs pour dévoiler les systèmes d’organisation sociale
  • Pour une archéologie intégrative
• Bibliographie
  • CHAPITRE 1. DE SIMPLES MOLÉCULES AU PREMIER GÉNOME ANCIEN
  • CHAPITRE 2. SUR LES PAS DE NOS ANCÊTRES
  • CHAPITRE 3. LA PART DE NEANDERTAL EN NOUS
  • CHAPITRE 4. L’HUMANITÉ DE DENISOVA ENFIN DÉVOILÉE
  • CHAPITRE 5. REPOUSSER LA BARRIÈRE DU TEMPS
  • CHAPITRE 6. SUR LES TRACES DES GRANDES ÉPIDÉMIES DE L’HISTOIRE
  • CHAPITRE 7. NOUS ET NOS ÉCOSYSTÈMES MICROBIENS ANCIENS
  • CHAPITRE 8. AU-DELÀ DE NOS GÈNES, NOTRE PROFIL ÉPIGÉNÉTIQUE
  • CHAPITRE 9. AU-DELÀ DE NOUS, NOS ANIMAUX DOMESTIQUES
  • CHAPITRE 10. AU-DELÀ DE NOUS, NOS PLANTES DOMESTIQUES
  • CHAPITRE 11. COMPRENDRE ET TIRER LES LEÇONS DES EXTINCTIONS PASSÉES
  • CHAPITRE 12. LA MÉMOIRE DES ENVIRONNEMENTS PASSÉS
  • CHAPITRE 13. QUAND LE PASSÉ RENCONTRE LE TEMPS PRÉSENT
  • CHAPITRE 14. QUAND LES CULTURES RENCONTRENT LES MOLÉCULES : QUELLE ARCHÉOLOGIE AUJOURD’HUI ?