Table des matières

• PRÉAMBULE. D’où venons-nous ? Que sommes-nous ? Où allons-nous ?
• PARTIE I. De Darwin à la génomique
  • Natura non facit saltus : l’évolution graduelle de Darwin
  • Naissance de la génétique des populations
  • Découverte du matériel héréditaire : l’ADN
  • Reconstruire les sources de la diversité génétique
    • Facteurs génomiques
    • Facteurs démographiques
    • Facteurs sélectifs
    • Reconstituer le passé des populations
  • Une histoire à 3 milliards : le projet Génome humain
  • La génomique, révélateur de la diversité : chaque individu est unique
  • L’homme ne descend pas du singe… il est un singe !
  • Dater la séparation entre primates humains et primates non humains
  • Un singe pas comme les autres
  • Populations humaines : similitudes et différences
  • La révolution paléogénomique
  • Ce 2 % de Neandertal qu’il y a en nous
  • Métissage de Sapiens avec des espèces humaines aujourd’hui disparues : l’introgression archaïque
• PARTIE II. Conquêtes et peuplement
  • La lignée humaine et les « grands singes de petite taille »
  • Homo : une histoire vieille de 2 millions d’années
  • À la recherche du berceau perdu : l’avènement de Sapiens
    • Les indices fossiles : de l’apparition aux premières sorties d’Afrique
    • Une origine ancestrale unique, ou plusieurs ?
    • Les limites de l’archéologie et de la paléoanthropologie
  • Homo sapiens est africain
  • Out-of-Africa : quand Sapiens sort de l’Afrique
  • La longue et riche histoire du continent africain
    • Différents berceaux pour homo sapiens ?
    • Des métissages anciens
    • Histoire génomique des chasseurs-cueilleurs
    • Émergence de l’agriculture et expansion des langues bantoues
    • La diffusion des pratiques d’élevage : archéologie et génomique
    • Métissages en Afrique de l’Est
    • L’Afrique du Nord, carrefour de migrations
  • Une Europe hautement métissée
    • Quatre grandes étapes de peuplement
    • Un métissage tripartite
    • Carte géographique, carte génétique
    • De l’Angleterre à la France : frontières, brassages et isolement en Europe
  • Les « Asies » : terres de contrastes et de rencontres
    • Ce que les gènes révèlent de l’histoire de l’Asie
    • L’effet des migrations : remplacement versus continuité génétique
    • Paléogénomique et histoire de l’Asie de l’Est et du Sud-Est
    • La complexité de l’Asie centrale
    • L’Asie du Sud et le gradient indien
  • Océanie : la dernière frontière
    • Australiens et Papous
    • Naviguer sans carte ni boussole dans les mers du Sud
    • Un puzzle complexe de migrations et de métissages
    • L’écheveau des génomes océaniens
    • Le Kon-Tiki : des échanges entre l’Amérique et la Polynésie ?
    • Territoires dénisoviens
    • Des métissages archaïques multiples
  • À la conquête des Amériques : la traversée du détroit de Béring
    • La culture Clovis
    • Familles linguistiques et migrations : des signatures génétiques
    • Peuplement en quatre temps
    • L’héritage génétique de l’esclavage et de la période coloniale
    • Cataclysme colonial aux Antilles
  • Une longue histoire de métissages
• PARTIE III. Adaptation à l’environnement
  • Les défis de l’adaptation
  • La sélection naturelle : ses principes et ses formes
    • La sélection négative : purge des mutations délétères
    • La sélection positive : quand les humains se mettent à parler
  • Adaptation locale des populations à leur milieu
    • Digérer le lait : un cas emblématique de sélection positive
    • Le soleil à fleur de peau : le climat et la pigmentation humaine
    • Le froid et les oméga-3
    • Grandir dans la forêt tropicale ? L’humidité et la taille
    • Questions de taille en Europe : sélection polygénique ?
    • Le mal des montagnes : hypoxie en altitude…
    • … et en apnée
  • Et l’adaptation continue
  • La sélection balancée : les bienfaits de la diversité
    • Hommes et chimpanzés contre le chou de Bruxelles
    • La sélection balancée : un mécanisme courant ?
• PARTIE IV. Hommes et microbes
  • Alice et la Reine Rouge : une course aux armements
  • Maladies infectieuses, mortalité et sélection naturelle
    • Louis Pasteur, père de la théorie microbienne
    • Génétique humaine des maladies infectieuses
  • Humains et chimpanzés face aux pathogènes
  • Empreintes des pathogènes passés sur nos génomes actuels
  • Un héritage précieusement gardé
  • L’amour au temps du paludisme
  • Entre la peste et le choléra
  • Mortui vivos docent : les morts enseignent les vivants
  • De l’ADN fossile à la tuberculose
  • Quand la perte d’un gène se révèle bénéfique
    • Le cas du paludisme
    • Le cas du sida
    • Norovirus et gastro-entérite
    • Perte totale d’un gène et septicémie
  • Sélection naturelle et pertinence immunologique
  • Ensemble, c’est mieux
• PARTIE V. Métissage, culture et médecine
  • « Rien n’a de sens en biologie si ce n’est à la lumière de l’évolution »
  • Nous sommes tous des métis
  • Le métissage : accélérateur de l’adaptation et facteur de survie ?
    • Chez les plantes et les animaux
    • Métissage et adaptation chez l’homme
    • Métissage adaptatif en Afrique : le cas des Bantous
    • Survivre au paludisme : le cas des Pygmées et des Peuls
    • Une réponse immunitaire également métissée
  • Ce que nous devons aux humains « archaïques »
    • Les bénéfices de l’introgression néandertalienne
    • Dénisoviens en altitude
    • Introgression archaïque et immunité
    • Les défenses des dénisoviens dans le Pacifique
    • Des variants archaïques protecteurs contre les virus
    • Un héritage à double tranchant… sur les phénotypes contemporains
    • De l’homme de Neandertal à la pandémie de COVID-19
    • Les Asiatiques de l’Est sont-ils plus « adaptés » aux coronavirus ?
  • Pratiques culturelles et diversité génétique : comment la culture modifie nos gènes
    • Échanger des mots, échanger des gènes
    • Des migrations différentes selon le sexe
    • Effets génétiques des règles d’alliance et de filiation
    • Le système des castes en Inde
    • Et l’homme s’habilla
    • L’avènement de l’agriculture : un exemple de coévolution gène-culture
    • Devenir fermier : cause ou conséquence de l’explosion démographique ?
    • Chasseurs-cueilleurs et agriculteurs : une adaptation différente aux pathogènes
    • Vie rurale, vie urbaine : effets sur l’immunité
    • Des liens entre statut social et réponse immunitaire ?
  • Épigénétique : une autre réponse aux changements environnementaux
    • La méthylation de l’ADN et la variabilité phénotypique
    • Ce que la méthylation de l’ADN nous révèle des populations
    • Épigénétique et modes de vie en Afrique
  • Sélection naturelle par le passé et réponse immunitaire d’aujourd’hui
    • Diversité génétique et immunité : l’apport des études de l’expression génique
    • Réponse inflammatoire : différences entre populations européennes et africaines
    • Sélection naturelle et différences immunitaires entre populations
    • Dommages collatéraux : auto-immunité, inflammation et obésité
  • De Claude Bernard à l’immunologie des systèmes : vers une médecine de précision
• Épilogue
• Bibliographie
  • PARTIE I – DE DARWIN À LA GÉNOMIQUE
  • PARTIE II – CONQUÊTES ET PEUPLEMENT
  • PARTIE III – ADAPTATION À L’ENVIRONNEMENT
  • PARTIE IV – HOMMES ET MICROBES
  • PARTIE V – MÉTISSAGE, CULTURE ET MÉDECINE
  • ÉPILOGUE
• Remerciements